[Iska]

Всё что умеет чистый cmd - "убивать" приложения командой taskkill. »

Вообще-то, нет: именно taskkill.exe (без использования параметра /f) делает попытку закрытия главного окна приложения (путём отсылки сообщения). WSH этого не умеет (в Вашей трактовке — умеет только «убивать» процесс).