[XPEHOMETP]

Вы можете контролировать процесс копирования только посредством системного компа. Если на нем сидит какой-то вирус, то он наверняка захочет переселиться и на внешний диск, и помешать этому Вы будете не в силах. Думаю, именно этим и объясняется то, что Вы озаботились данной проблемой, то есть Вы ее осознали.

Как вариант: загрузиться с загрузочного диска и все скопировать из-под виртуальной системы. Если, конечно, сам диск не заражен. Тогда возможная зараза на исходном компе не будет активна. Ищите, такие диски есть, они даже бывают вполне легальны.

А полечить исходный компьютер антивирем (если надо) как вариант не рассматривали? Бесплатных антивирусов нынче хватает (ни один не буду рекламировать, ибо как бы не комильфо), но это - наилучший вариант.