для живой системы лучше делать вручную.
http://forum.oszone.net/post-2641046-153.html
для экзешника тихий ключ /s
SetupComplete.cmd
Код:
::@echo off
CD /d "%~dp0"
::::::::::::::Bootskin:::::::::::::::::::
if exist "%~dp0Barsboot.exe" start "" /d "%~dp0" /b /wait "%~dp0Barsboot.exe" /s
exit