В командной строке от администратора:
Код:

reg add HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run /v YourApp /d "C:\Program Files\YourApp\YourApp.exe"
YourApp - названия ключа в реестре с вашей программой.
"C:\Program Files\YourApp\YourApp.exe" - путь к исполняемому файлу программы.
На WSH:
Код:

Option Explicit
Dim strSourceFile
Dim objFSO
strSourceFile = "C:\Program Files\YourApp\YourApp.exe"
Set objFSO = WScript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
If objFSO.FileExists(strSourceFile) Then
With WScript.CreateObject("WScript.Shell")
With .CreateShortcut(objFSO.BuildPath(.SpecialFolders("AllUsersStartup"), objFSO.GetBaseName(strSourceFile) & ".lnk"))
.TargetPath = strSourceFile
.WorkingDirectory = objFSO.GetParentFolderName(strSourceFile)
.Save
End With
End With
Else
WScript.Echo "Source file [" & strSourceFile & "] not found."
WScript.Quit 1
End If
Set objFSO = Nothing
WScript.Quit 0
"C:\Program Files\YourApp\YourApp.exe" - путь к исполняемому файлу программы.