BKPB, что такое Temp? Если это переменная окружения, то я бы предложил
Код:
![Выделить весь код](images/misc/selectcode.png)
Pushd "%Temp%"
start " " /wait Setup.exe
Popd
В противном случае указать для Pushd полный правильный путь
Pushd "C:\Users\.........\Temp"
По видимому, Pushd надо сделать обязательно, возможно exe ищет рядом в папке нужные фаилы и папки.