Через SpeedFan можно управлять лишь некоторыми вентиляторами. И, ЕМНИП, чем ниже снижаешь обороты кулера, тем выше нагрузка на резистор (или, что там за это отвечает, я в электронике баран) на материнской плате. То есть вполне можно сжечь 3pin/PWM разъём на материнке.
К тому же, остановить полностью вентилятор не выйдет, в силу всё тех же ограничений.
Я выше писал, есть девайс, называется Aquaero, сомневаюсь, что даже сегодня придумали, что-то лучше для управления кулерами и не только. Девайс дорогой но в некоторых случаях незаменимый. Так что, всё есть, денег нету