Примерно так. numb.txt - файл с номером последнего перенесенного файла
Код:

@echo off
SETLOCAL ENABLEDELAYEDEXPANSION
set ocat=C:\старая\папка\
set ncat=Н:\овая\папка\
for /f %%j in (numb.txt) do set numb=%%j
set /a N=0
for /F "delims=" %%i in ('dir /a:-d /o:d /t:c /b') do (
set /a N=!N!+1
if !N! leq 1000 (
set /a numb=!numb!+1
set oname=%%i
set nname=!oname:~0,12!!numb!!oname:~-6!
REM move /Y !ocat!!oname! !ncat!!nname!
echo !numb!>numb.txt
)
)