Sisin, это не
между строчек, понимаете? Это
внутри одной строки. Никак Вы не вставите комментарий
внутрь команды.
Я так понимаю, Вы комментарии вставляете не из любви к искусству, а для памяти, дабы не запоминать имена параметров, и за что каждый из них отвечает, да? Тогда предлагаю воспользоваться, например, следующим способом:
Скрытый текст
Код:

@echo off
setlocal enableextensions enabledelayedexpansion
rem Начало обрезки:
set sStartTime=00:08:38
rem Продолжительность обрезки:
set sPeriod=00:05:00
for %%a in (*.mkv;*.mp4;*.wmv) do (
ffmpeg.exe ^
-i "%%~a" ^
-c:v copy ^
-c:a copy ^
-ss %sStartTime% ^
-t %sPeriod% ^
"fix\%%~na.mkv"
)
endlocal
exit /b 0