Sisin, комментарии не могут располагаться внутри строки команд. А у Вас, как было верно замечено, даже не комментарии. Впрочем, если бы были и комментарии — то тоже не могут. Уберите переносы и что выйдет?
Код:

for %%a in (*.mkv;*.mp4;*.wmv) do (
ffmpeg.exe -i "%%~a" -c:v copy -c:a copy :: Начало обрезки::: -ss 00:08:38 :: Продолжительность обрезки::: -t 00:05:00 "fix\%%~na.mkv"
)
И с чего бы ей исполняться?!