[meZon]

YDen, если клиенты в вашей сети напрямую ломятся к другим DNS серверам, "яндекс-фильтрация" работать не будет.
Сейчас даже обычные браузеры грешат этим, в том числе и с публичными сервисами, использующих DNSCrypt.
В настройках ОС нынче тоже "модно" прописывать гуглосерверы, например...

Для прекращения этого безобразия в простейшем случае нужно заворачивать запросы на udp:53 на сам роутер, который и обработает их, отправив Яндексу.
Или хотя бы блокировать их в цепочке FORWARD.
Как сделать это - смотрите FAQ для своей железки/прошивки.

Но это не поможет при использовании клиентами серверов на нестандартных портах, или же SOCKS5 / VPN / DNSCrypt

А так Яндекс-фильтр - вполне годный сервис.
На Кинетиках настраивается непосредственно в вебморде с выбором нужного профиля.