А кто сказал что в cmd строка не имеет ограничение по количеству символов? Там потолок в 8191 символ, раз, во-вторых, если делать разбор все тем же SQLite, можно запилить цикл, бьющий строку на нужное количество столбцов, два, ну и третье. Вопрос был задан как разбить строки, про "безлимит" речи не было. И кстати, вся задача по сути сводится к одной единственной команде в консоли:
Код:

cmd /v/c "(for /f %i in (file.txt) do @set "#=%i"&(for /l %j in (0,1,2) do @set /a n=%j+1&@echo !#:~%j,1!>>output!n!.txt))" >nul
А вообще, по-хорошему, давно пора положить на cmd и использовать более функциональные вещи.