Будут иметь разные контрольные суммы.
Например, алгоритм MD5 побайтово работает с файлами, в том числе с метаданными: дата, имя. Поэтому два ISO, созданные из одинаковых файлов, но с разницей пусть даже в секунду по времени, будут иметь разные сумы.
Пример образов созданных из одних и тех же файлов, но с разницей в 30 секунд.
Одинаковые размеры, но разные сумы.
Ситуация повторяется и при создание двух ISO с одинаковыми именами.
