[MKN]

ZVSRus,
Наверное, как в справке и в сотне примеров в теме :

Код:

!include "x64.nsh"
!include "LogicLib.nsh"

${If} ${RunningX64} 
ExecWait "путь\App\papka64\proga.exe"
${Else} 
ExecWait "путь\App\papka32\proga.exe"
${EndIf}