я заметил одну разницу: после msconfig при перезагрузке появится окошко с напоминанием, что вы влезли в настройки системы, при администрировании такого не будет. да, еще через администрирование можно настроить параметры включения службы, типа "вручную" или "автоматически".
а в принципе результат один. но это только мое мнение
