Alexander_88,
Run a batch file in a completely hidden way
Я вам советую, как и второй ответ в моей ссылке, перегнать ваш .bat в .exe, отметив все чекбоксы для скрытия (по ссылке описано). Дополнительная статья по теме -
IExpress 2.0 and its Command Line switches.
Первый вариант с .vbs тоже, кстати, годный.