Iska, не изменяет )))
Если сильно не заморачиваться с локалью, примерно так
Код:

ver |find "5." && (
copy /y "c:\file.txt" "%userprofile%\Главное меню\Программы\Автозагрузка\"
) || (
copy /y "c:\file.txt" "%appdata%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup\"
)