[greg zakharov]

BKPB, здесь не Run нужно использовать, а Exec, чтобы в stdin можно было бы запилить вызов командных сценариев.

Код:

(function() {
  with (new ActiveXObject('WScript.Shell')) {
    var exe = Exec('cmd /q /k echo off');
    exe.StdIn.WriteLine('1.cmd');
    exe.StdIn.WriteLine('2.cmd');
    exe.StdIn.WriteLine('exit');

    var res = exe.StdOut.ReadAll();
    WScript.echo(res);
  }
})();