Пока накидал вот такой черновик, вроде все работает.
Запуск fciv
Код:

@Echo off
:m0
CLS
Echo.
Echo Выберите команду:
Echo.
Echo 1 - Создать хеш файлов
Echo 2 - Проверить хеш файлов
Echo 0 - Выход
echo.
Set /p choice="Ваш выбор: "
if not defined choice goto m0
if "%choice%"=="1" goto m1
if "%choice%"=="2" goto m2
if "%choice%"=="0" goto end
Echo.
goto m0
:m1
CLS
Echo Удаление старого хеш файла
del /F /S /Q /A hashes.xml
Echo Создание хеша... Подождите...
fciv -add ..\ -r -exc exceptions.txt -xml hashes.xml > log.txt
Echo Открытие лог файла
log.txt
Exit
:m2
CLS
Echo Проверка хеша файлов... Ждите...
fciv -v -xml hashes.xml > log.txt
Echo Готово. Открытие лог файла.
log.txt
Exit
Echo.
Echo.
Echo.
goto m0
:end
Exit
Единственное, что если не удалять старый файл хешей, то программа не сверяет с ним, а добавляет в него данные, из за чего в этом файле создается куча дубликатов, решил так, чтобы добавить новый хеш, то лучше удалить и создать новый файл.
Результат сверки хеша лог
//
// File Checksum Integrity Verifier version 2.05.
//
Could not create the registry key.
Starting checksums verification : 06/17/2017 at 17h17'16
List of modified files:
-----------------------
..\fciv\hashes.xml
Hash is : 178173a8b825058e2edd6d5d6137f280
It should be : 67bf8a87d456112e07d3ec642c2d3c28
End Verification : 06/17/2017 at 17h21'06