[greg zakharov]

Не самым лучшим вариантом в данном случае выступает скорее md5: достаточно много написано на тему коллизий оного, что даже сам его автор (вроде бы Ривест, если не ошибаюсь) рекомендовал пользоваться более продвинутыми алгоритмами. Но если оставить вопросы безопасности в стороне, получим другие грабли, а именно отсутствие штатных средств вичисления хэшей в Windows < 6.0; там придется либо использовать сторонние утилиты вроде sigcheck или openssl, либо взять C(#|\+\+)? компилятор и нарисовать чекер хэшей самостоятельно (ничего сложного в том нет). В случае в Vista и выше можно использовать certutil, позволяющий прочекать md[4|5], sha[1|256|384|512]. Так что для начала советую определиться с:
1) кругом ОС, на которых подобная задача должна решаться
2) действительно ли желаете использовать md5
В общем, думайте.