Код:
@Echo OFF
cls
Set "BoxIn=Z:\Box_In\CMD"
Set "BoxOut=Z:\Box_Out\Kuku"
Set "Mask=*.js"
FOR /F "usebackq delims=" %%f IN (`Dir "%BoxIn%\%Mask%" /S /B /A:-D 2^>nul`) DO Call :Work "%%f" "%%~dpf"
GoTo :Eof
:Work
Set "PathIn=%~2"
Call Set "PathOut=%%PathIn:%BoxIn%=%BoxOut%%%"
Echo %1
Echo %PathIn%
Echo %PathOut%
pause
GoTo :Eof
Подозреваю, что еще необходимо выходную папку создать, что-то наманер
If Not Exist "%PathOut%" Md "%PathOut%"