[mwz]

как в будущем отразится на работе системы отсутствие этого 100 мегабайтного огрызка? »

Если будете ставить без него — то те файлы, что лежат на нём (а нужен он не винчестеру, а системе), перекочуют на диск C:. И сэкономите вы мегабайт 50 в лучшем случае — место для десятка-полутора фотографий. Не, я понимаю: если диск на 20 гигабайт, то и 50 мегабайт хорошее подспорье...

Да ещё и есть неплохой шанс после удаления упомянутых вами разделов получить в процессе установки активным диск D:, и если когда-либо потребуется его форматировать, то получить незагружаемую систему.