[gannet]

Чижъ, кроме bootmgr нужна еще папка boot и файл BCD иже с остальными в ней. Обычно эта папка располагается на отдельном разделе вроде вашего 350МБ.
" Could not open the BCD template store" - вот это смущает, но попробуйте bcdboot из того же руководства, обратив внимание на опцию /s. Но перед ее выполнением необходимо также сделать активным раздел, на который вы будете устанавливать загрузчик (логично использовать раздел с системой, хотя если он не первый, то лучше использовать тот, что первый, ибо загрузочный код обычно выставляется на первый доступный раздел, а переделать его можно с помощью bootsect или bootice). Это можно сделать из командной строки: diskpart /sel disk 0 / list part / sel part # (# - номер раздела) / active.