[nokogerra]

Вероятно, речь таки о CMID, а не о SID.
Вы все же попробуйте на одной машине 'sysprep /oobe /generalize /reboot' и посмотрите, поможет ли. KMS счетчики от машин с одинаковым CMID точно не накручиваются (десятки раз приходилось использовать фул sysprep для vdi вместо quickprep`а из-за этого), и я также слышал что это влияет и на WSUS, но всусом сам никогда не пользовался.