[Iska]

то файлы которые побывали зараженном компе уже будут с вирусом ? »

Как верно выше сказано:

зависит от типа вируса »

Суть проблемы в том, что заранее нельзя сказать, что может быть заражено, а что — нет. Тут могут представлять опасность не только исполняемые файлы, но файлы других типов. Например, документы Microsoft и прочих Office (макросы). Видео, аудио, графика, даже иконки или шрифты (да, да, было даже такое!) могут быть скорректированы или подменены таким образом, чтобы при открытии их стандартными средствами ОС помещённый в них код получал управление (лечится регулярными обновлениями). Посему фактически любое содержимое, побывавшее на заражённой машине, априори уже считается скомпроментированным.