[mwz]

и изначально в папке Users, например, были папки пользователей, да и вообще структура отображалась? »

смарт молчал - получается не все серьезные ошибки попадают в него »

В SMART никогда не попадут ошибки, связанные не с диском, а с файловой системой (например — с неверно записанной $MFT), да и вообще с работой операционки: диск честно записывает ту информацию, что ему дали, а разбираться с её достоверностью — это не его уровень в иерархии компьютера.

Могла быть, например, проблема с памятью, которая привела к созданию неверной записи (типа: при вспышке на Солнце заряженная частица пролетела через модуль памяти, исказив информацию в нём). Я такие "разовые" проблемы, когда комп прекрасно работал до критической проблемы и затем месяцами работает вообще без проблем после её устранения, т.е. когда нет видимых причин, называю "несчастным случаем".

Но, кстати, да: не все ошибки диска попадают в SMART, а только те существенные, которые имеют явные признаки и, соответственно, поддаются контролю.

"сперва бэкап - потом лечение" »

Именно, и даже если точнее — бэкап нужен вообще всегда.

Сhkdsk при непонятных случаях надо сначала запускать без ключей, разрешающих исправления, и оценивать степень бедствия по отчёту о найденных [и не исправленных] ошибках.

Ну и в вашем случае пофайловый бэкап привёл бы к массе ошибок (не зря чекдиск почикал три четверти ваших файлов: программа бэкапа до них бы и не достучалась), и пришлось бы делать посекторный бэкап, т.е. не на уровне файловой структуры, а на уровне секторов диска. И тогда можно было бы повернуть время вспять, вернув посекторную копию на исходное место. Ну а затем разбираться проводится уже другими методами (у меня, например, однажды в результате такого "несчастного случая" на диске увеличился на единичку указатель на начало файловой таблицы, что я и обнаружил затем при просмотре структуры файловых записей; знающие товарищи подсказали, где этот указатель искать — и я изменил его значение на то, что должно было быть по моим представлениям. И попал в точку.).