[mwz]

gannet, файл не помечается как "грязный" — там другой принцип.

У вас произошло серьёзное нарушение файловой системы: видимо испорчена MFT.
Компьютер был накануне выключен штатно — или, скажем, выключением Пилота (или электросеть пропала)?

PS
Да, и вы запустили chkdsk с флэшки, с исправлением ошибок? Тогда я вам не завидую. При таком количестве ошибок ваши файлы теперь придётся искать только по сигнатурам в *chk-файлах (есть утилиты, которые позволяют рассортировать *chk-файлы по doc, по docx, по jpg и т.д. — но без восстановления имён) и по тем же сигнатурам при поиске по свободному пространству диска для файлов, которые не были восстановлены как *.chk и, соответствено, были потеряны вообще.