[gannet]

Не встречал после defraggler'a доп. фрагментации файлов, скорее всего, у вас свободного места мало, а расхождение в статистике % обьясняется просто - посмотрите вывод defrag (при запуске в командной строке) и вы поймете, что в его проценты входят далеко не все файлы.
То, что загружаться стал медленней также естественно, ибо тут (для загрузки) defrag /c /b /u вне конкуренции, но и от него чудес не дождаться.