Вероятно есть невидимое окно поверх остальных окон. Запустите
Process Explorer и перетащите кнопку "Find Window's Process (drag over window)" из его окна в область экрана, в которой не срабатывает мышь. Если невидимое окно существует, то процесс, которому оно принадлежит, будет выделен в списке.
