Можно в скрипте указать логин и пароль от имени которого запускать скрипт. Для этого есть команда runas.
Как-то так
set user=admin
set pass=1123581321
set domain=domain
Echo %pass%|runas /netonly /user:"%domain%\%user%" "приложение"
Если речь идет о доменной структуре, то тут вообще все просто. Создаешь скрипт и закидываешь его в политику
https://technet.microsoft.com/en-us/...(v=ws.11).aspx