danneo, такое бывает, когда в папке (в вашем случае в корне диска) битый файл или двойная запись одного файла. В таком случае примитивные драйвера вроде того, что используется в регистраторе (сталкивался с подобным для DOS) работают с тем, что есть, не пытаясь обработать ошибку, windows же предпочитает вовсе не отображать каталог с таким файлом. Зато она предлагает проверить диск с тем, чтобы попытаться восстановить структуру каталогов и файлов в них, если не удается, помещает обнаруженные записи файлов в скрытые каталоги found00X. В том случае, когда диск исправен, а ошибка вызвана действиями пользователя (как в вашем случае) или же копированием с неисправного носителя/ошибках при записи, не связанных с самим диском, chkdsk ничего вредного/непоправимого сделать в принципе не может. Если все-таки не доверяете chkdsk или подозреваете, что диск дает дрозда, можете просканировать его в DMDE, R-saver, R-studio и восстановить нужные вам файлы на другой диск, этот же форматировать, проверить
Смарт.