vladshishkin,
Для WinPE оно не так и актуально, наверное. Защита от перезагрузки вообще не нужна.
А вот на реальной системе перезагрузка во время работы может прилично попортить систему.
Вот посидел немного, добил нюансы с 32-битными программами на x64.
Теперь все как-то проще и единообразнее получается - берешь шаблон и правишь.
Попробовал на нескольких проектах - проблем не обнаружил (x86, x64).
http://forum.oszone.net/post-2688624.html#post2688624