При форматировании флешки (если у нее 1 раздел) стирается всё, без вариантов. Другое дело, что скрыв эти файлы (коли вы лишь изредка включаете отображение скрытых файлов), вы можете удалять ВСЁ (кроме скрытых файлов) с флешки, выделив Ctrl+A (выделяются только отображаемые файлы) да Shift+Del. Есть еще вариант написать
скрипт и засунуть его в
контекстное меню диска, но это уже ... и будет работать только в вашей ОС.
