[vasketsov]

CyMpak
Вариант со службой мне представляется более правильным и простым, несмотря на то, что Вы откразываетесь его понимать.

Итак, необходимо из Windows 2000 Resource Kit (что это такое - в поиск) взять утилиту srvany.exe и научиться ей пользоваться. Справка по ней входит в тот же Resource Kit. Надо посредством srvany запускать в качестве службы cmd.exe с параметрами командной строки /s batnik.bat (и то и другое пишется в реестр в известные места, тут главное строго следовать документации на srvany, благо, она вполне подробная, и не записать в имя исполняемого файла параметры его командной строки). Установить ее в качестве службы можно либо руками, либо через srvinstw в том же Resource Kit.