[Arhont375]

papanya1948, Наверное, я неточно выразился.
Последние пару лет я пользуюсь только одной системой (когда было несколько, то они были установлены на одном носителе и даже при переустановке им это нисколько не мешало). В процессе установки выяснилось, что Windows определяет один из разделов (MSR) на другом носителе, как раздел EFI и ругался, что он в NTFS, а не FAT. Так как мне нужна только одна система все разделы типа EFI, MSR и тд были удалены (Windows всё равно создаст необходимые для неё), оставлены только разделы с данными. После этого Windows больше не путала какой раздел есть EFI раздел и установка прошла в штатном режиме.

Да, вытаскивать/отключать второй носитель не имело большого смысла, так как при следующем обновлении я бы опять столкнулся с данной проблемой.