[evpu]

Спасибо, изучим.

Ну, пока проблему решили брутально - переносом системы на SSD и кардинальной сменой конфигурации сервера.
С core2duo на i5, и памятью с 1ГБ ДДР2 на 8ГБ ДДР3. Debian 8.1 без ничего лишнего... Только мое ядро ПО, LAMP, и админский минимум.

В дальнейшем хочу создать зеркалирующий RAID из нескольких SSD только под хранение базы, а сама система на другом SSD.

Т.е достаточно тупо в плане оценки причины, но освободился старый сервак, можно будет экспериментировать.

С тех пор нагрузка возросла еще вдвое, тормоза как в ноль ушли так там пока и остались.