Скрипт удаляет
все пробелы в наименованиях папок (спасибо замечанию
Iska-я не до конца осознал проблему)
Код:

@Echo Off
Set "InDir=С:\Temp"
SetLocal EnableExtensions EnableDelayedExpansion
For /F "usebackq delims=" %%D In (`Dir "%InDir%" /B /S /A:D 2^>nul^|Sort /R`) Do (
Set "DirName=%%~nxD"
Ren "%%D" "!DirName: =!"
)