Сорри, неправильно понял проблему. Думал, речь о образе для восстановления ОС.
Наверное, надо для начала пересоздать файлы загрузки, раз конфигурация не читается. Из PE отформатировать EFI (FAT32) с diskpart, потом
Код:
bcdboot W:\Windows
Где W - раздел с ОС. См. также пункты 1 и 3
https://www.outsidethebox.ms/15044/#_Toc355704587