Как научить .bat файл самому нажимать Enter - вообще-то никак. Но попробуйте vbs-скрипт.
Код:

ProgaName = "C:\WINDOWS\system32\CMD.exe /A /C ""Echo %Date% %Time% >>log.txt &Pause &Echo kuku &Pause""" ' Полный путь к программе
Set WS = CreateObject("WScript.Shell")
theProga = WS.Run(ProgaName,1,false) ' Запустим программу
WScript.Sleep (5000) ' Ждем 5 секунд
WS.SendKeys ("{ENTER}") ' Пошлём ENTER
Здесь в качестве примера программы я взял стандартный CMD. Командная строка в параметрах этой программы пишет в лог дату и время и выходит на паузу. Далее скрипт посылает Enter для продолжения работы и далее CMD выдаёт эхо kuku на экран и выходит на паузу- я сделал так, чтобы убедится что программа работает. Задержка (у меня 5 сек) перед посылкой Enter необходима, чтобы дать программе загрузиться.
Вам повидимому вместо Echo %Date% %Time% надо поставить свою прогу, а &Pause &Echo kuku &Pause удалить. Не буду есть свою шляпу, если не заработает с Вашей прогой, я её не тестировал.
Мой пример работает.