Да наверное тогда и в самом деле только вариант вручную удалять страницы с готового PDF.
Просто там есть очень интересная функция TOCок (table of content) wkhtmltopdf --dump-outline toc.xml
http://tst.html tst.pdf
которая в тех случаях, которые я пробовал очень четко разграничивает содержимое документа, т.е. отдельно статья, отдельно какая-то другая информация, отдельно комментарии. Думал может с ее помощью как-то можно
