Так вроде нельзя с одного существующего файла сделать ссылку на другой существующий файл? Проще наверное заново создать дерево проектов, в котором на мастер-каталог будут ссылаться файлы в папках-проектах. Или вообще создать связанные каталоги (в этом случае будут отличаться названия папок, а не файлов).
Допустим есть каталог master, создаем каталоги для проектов project_1 и project_2 и создаем в них жесткие ссылки на файлы в каталоге master
Код:

@echo off
setlocal
2>nul md project_1;project_2
pushd master
for %%i in (*.pdf *.tiff) do (
mklink /h "..\project_1\qwerty%%~xi" "%%i"
mklink /h "..\project_2\test%%~xi" "%%i"
)
popd
Но, как заметили выше, если один чел напортачит, то тогда пострадает весь проект, включая исходники.