Используйте Posh.
Код:

Import-Csv "C:\folder_user" -Delimiter ";" | foreach{
$acl = Get-Acl $_.folder
$usr = $_.usrgg.trim()
$acl.AddAccessRule((New-Object System.Security.AccessControl.FileSystemAccessRule("$usr","Read, ExecuteFile", "ContainerInherit, ObjectInherit", "None", "Allow")))
$acl | Set-Acl
}
где в csv (юникод) список каталогов и пользователей или групп в таком формате:
Код:

folder;usergg
E:\folder1;domain\user1
E:\folder2;domain\group1
О разрешениях можно здесь подробнее прочитать например тут
http://coolcode.ru/razdacha-prav-na-ntfs-iz-powershell/