[timon45]

-TRM-, проверил на виртуалке Win7
установил Google Chrome 50.0.2661.75 (45.3 MB)
подбросил файл master_preferences (c:\Program Files\Google\Chrome\Application\)
запустил Google Chrome
настройки подхватились

П.С. может файл master_preferences с ошибками, там даже если одна скобка или запятая не стоит или лишняя то он не срабатывает.
попробуй мой