Реально, вопрос чем вы будете конвертировать. С помощью
nconvert:
Код:

@echo off
for /f "tokens=*" %%i in ('dir /b /s /a "C:\Root\Folder\*.bmp"') do nconvert -out jpeg "%%i"
Дополнительные опции, такие как удаление исходного файла, наименование результирующего, параметры конвертации найдете в справке:
Код:

nconvert -help | more
nconvert -help > nconvert_help.txt