sNc-DAntES, Я так понял, Install.exe это скрипт сделанный в SFX-Macros ? Если да, то:
Пути надо задавать через переменную {Patch} которая ведет в папку со скриптом. Т.к. я точно не знаю, в какой момент создается папка configuration, при установке или при первом запуске, то я бы, что бы наверняка, добавил перед копированием создание папки.