Например так.
Код:

@echo off
setlocal enabledelayedexpansion
pushd E:\MIX\MPL\
for /f "delims=" %%y in ('dir /b /a:d') do (
set "in=%%~fy\%%~ny.alb"
set "out=%%~fy\%%~ny.alb"
for /f "usebackq tokens=1,2*" %%i in ("%in%") do (
set $%%j$!random!=%%i %%j %%k
)
for /f "tokens=1,2 delims=$=" %%i in ('set $') do (
if not "%%i"=="!x!" (
set /a m+=1
set x=%%i
)
set !m!$!random!=!$%%i$%%j!
)
for /l %%i in (1 1 %m%) do (
set $random=!random!
for /f "delims==" %%j in ('set %%i$') do (
set !$random!$$!random!=!%%j!
)
for /f "delims==" %%j in ('set !$random!$$') do (
set /a n+=1
set $$!n!$!random!=!%%j!
)
set n=
)
>"%out%" (
for /f "tokens=2 delims==" %%i in ('set $$') do (
echo %%i
)
)
)
popd
Скрипт, однако, не учитывает, что есть папки в которых нет указанных файлов, но это уже если нужно будет... Еще прошу учесть что ничего не проверялось, вообще писал по памяти,
чет в конец рабочего дня в пятницу вообще все лень.