[WindowsNT]

Replace говорит "отменить все другие политики". При Merge проблемы не возникло бы (возможно, возникли бы другие).

в GPPreferences применяйте таргетинг вида "Apply if User is member of OU="
Это позволит иметь один GPO с несколькими дисками.
Батники применяются только при логоне, а GPP - каждые полтора часа. Батники не таргетируются.

АД можно перестроить в виде:
domain root
___Company Name
______Computers
______Users
______Servers
______Groups

Контейнеры Computers, Groups можно разбивать по географическому признаку либо департаментам. Как выбрать? в зависимости от применяемых GPO. на что целится большинство GPO, на географию? Или какой-нибудь функциональный признак? Сейчас география вполне понятна, но сокращения я бы не применял.