[Iska]

Подключаю винчестер к компьютеру - он до перезагрузки в системе не определяется. »

Что за диск? Каким именно образом подключаете?

Но после перезагрузки сразу же стартует chkdsk. »

Значит, какой-то том на нём помечен как «грязный».