[Foreigner]

Не понятен смысл. Зачем это надо? Уберите лидирующий ноль(нули) и все будет нормально:

Код:

@echo off
setlocal

set "timeout=009"
set "t1=%time:~0,-3%"

:0
if %timeout:~0,1% equ 0 set timeout=%timeout:~1% && goto:0

echo %t1%
...