termitt, Кавычки экранируются так \", все кавычки, кроме открывающих-закрывающих:
Код:

"\"C:\usr\ugs\NX_85\UGII\ugs_router.exe\" -ug -version=V26.5 -use_file_dir \"%1\"" /f
Кроме того, зачем конкретно здесь вообще кавычки? Путь к ugs_router.exe не содержит пробелов, а %1 подразумевает, что кавычки в нем в случае пробелов будут выставлены автоматически.