У меня стояло две звуковухи (встроенная и audigy), mdk9 нормально нашел обе. Правда по умолчанию выход был на встроенную, что меня не устраивало, и я ее отключил (тогда в линуксе почти нифига не разбирался
).
Замечу, что если указать выход ручками, то все работало нормально.